La sicurezza alimentare è gestita internamente da un team di specialisti che ha il compito di assicurare il massimo livello di garanzia, se possibile anche oltre le aspettative del cliente.
Ogni anno tutta l’organizzazione B&B Frutta viene sottoposta a audit da parte organismi internazionali come  ISACERT per gli schemi BRC e IFS o italiani come CSQA per gli standard UNI EN ISO 9001e 22000.
B&B Frutta è fra le primissime aziende italiane ad aver ottenuto la certificazione QS System (frutta,  vegetali e patate) per il mercato tedesco e può quindi fregiare le proprie confezioni di mele con il marchio QS.Ad oggi B&B Frutta ha ottenuto le seguenti certificazioni:
        »   SICUREZZA ALIMENTARE - UNI EN ISO 22000:2005
        »   QUALITA' - UNI EN ISO 9001:2000
        »   BRC - Retailers Britannici
        »   IFS - Retailers Tedeschi, Francesi, Italiani
        »   QS SYSTEM - Retailers Tedeschi